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基于步進(jìn)型組合文庫的post-SELEX策略優(yōu)化得到最短適配體

來源: X-MOL 2017-08-28 15:07:23

“化學(xué)抗體”——寡核苷酸適配體是指經(jīng)體外指數(shù)富集配基系統(tǒng)進(jìn)化(SELEX)技術(shù)篩選得到的一段短單鏈寡核苷酸序列。篩選后合理的序列剪裁、優(yōu)化、修飾等環(huán)節(jié)又稱為post-SELEX,一直以來是證實(shí)適配體有效性的前提和關(guān)鍵難點(diǎn)。軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院毒物藥物研究所的郭磊團(tuán)隊通過創(chuàng)建小型多方向步進(jìn)型適配體組合文庫,合理、高效地完成適配體序列的剪裁、優(yōu)化,為post-SELEX提供了有效的創(chuàng)新思路。


通過SELEX技術(shù)篩選得到的全長適配體一般均包含引物序列和隨機(jī)序列,長度一般在70~130 nt之間。其中隨機(jī)序列的長度多在40-80 nt左右。許多經(jīng)SELEX技術(shù)篩選出的適配體,其引物區(qū)與隨機(jī)區(qū)產(chǎn)生堿基配對,某些引物區(qū)參與了特異性識別或隨機(jī)區(qū)序列較長,存在冗余堿基序列。因此,對于全長適配體序列,人們需對其進(jìn)行結(jié)構(gòu)剪裁,以便得到既保持結(jié)合活性,又僅有適當(dāng)長度(10-40 nt)的適配體,從而適合作為功能性傳感、診療識別元件。但目前多數(shù)結(jié)構(gòu)剪裁方法僅限于以試錯法進(jìn)行隨機(jī)嘗試,依據(jù)核酸二級結(jié)構(gòu)及自由能的經(jīng)驗(yàn)性判斷,對適配體序列進(jìn)行較為隨機(jī)的剪裁或定點(diǎn)突變。其主要缺點(diǎn)在于隨機(jī)方法效率較低、難度較大,尚無系統(tǒng)的理論指導(dǎo)和較好的解決方案,因而亟需發(fā)展指導(dǎo)結(jié)構(gòu)剪裁優(yōu)化的新思路,從中尋找親和性更高、特異性更強(qiáng)、序列更短的適配體,除去冗余序列,提高適配體識別研究的容錯度、通用性和穩(wěn)定性。


軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院的郭磊團(tuán)隊基于組合化學(xué)思想,提出“序列中相鄰堿基位點(diǎn)極可能通過堿基堆積及氫鍵作用影響空間相互作用”的觀點(diǎn),以重組人促紅細(xì)胞生成素α(EPO-α)的適配體807-39 nt為模式分子,創(chuàng)建創(chuàng)新性的小型多方向步進(jìn)型適配體組合文庫,四組步進(jìn)型序列文庫包含向左收縮、向右收縮、兩端收縮和兩端擴(kuò)展等四組分子群,并開發(fā)了免標(biāo)記SPR評價方法,僅從35條序列中高效地篩選優(yōu)化得到無冗余序列的最短適配體In27,并在明確其關(guān)鍵堿基位點(diǎn)貢獻(xiàn)的基礎(chǔ)上構(gòu)建簡并序列。In27僅保留了初始適配體39 nt二級結(jié)構(gòu)中的環(huán)部分,但親和活性與之相當(dāng)。


作者進(jìn)一步采用親和競爭作用分析,界定了多種親和識別分子,如適配體39 nt及In27、EPO受體(EPOR)、EPO的單克隆抗體以及麥胚凝集素(WGA)在EPO-α上的結(jié)合作用模式。這就為利用適配體In27(或39 nt)做為EPO-EPOR間的抑制劑研究提供了積極的線索。


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